Harry Potter i Kamień Filozoficzny

Gra rozpoczyna się krótkim opowiadaniem, o tym jak Harry trafia do domu państwa Dursleyów, oraz jak Harry poznaje prawdę o swoim magicznym pochodzeniu.


Kiedy wprowadzenie dobiega końca, gracz przejmuje kontrolę nad Harrym, i poznaje Albusa Dumbledore’a. On odsyła Harry’ego na lekcje. Po drodze spotyka Rona Weasley’a i jego starszych braci Freda i George’a, którzy urządzają Harry’emu samouczek poruszania się po Hogwarcie. Po ukończeniu samouczka dają Harry’emu Kartę z Czarodziejem i czekoladową żabę. Po wyjściu z sali, Harry spotyka trójkę Ślizgonów: Draco Malfoya, Vincenta Crabbe’a i Gregory’ego Goyle’a, oraz Gryfonkę: Hermionę Granger.
Pierwszą lekcją jest obrona przed czarną magią z profesorem Quirrellem, na której Harry poznaje zaklęcie Flipendo. Następna lekcja to latanie, z Madame Hooch, a później zaklęcia i uroki z profesorem Flitwickiem. Harry uczy się zaklęć Wingardium Leviosa i Alohomora. Po zakończeniu Wyzwania Wingardium Leviosa, Harry dostaje dwa listy od Hermiony, i udaje się na następną lekcję. Na drodze staje mu Draco Malfoy, który obrzuca Harry’ego czarodziejskimi petardami. Po pokonaniu Malfoya Harry wychodzi z zamku do cieplarni profesor Sprout na lekcję zielarstwa, i poznaje czar Incendio. Po zajęciach okazuje się, że Malfoy ukradł przypominajkę Neville’a Longbottoma, a Harry wskakuje na miotłę i goni Ślizgona, aby ją odzyskać. Kiedy Harry zwraca przypominajkę właścicielowi, profesor McGonagall powiadamia go, że załapał się do drużyny Quiditcha Gryffindoru, a po południu zagra mecz. Harry odwiedza Hagrida, który pokazuje mu smocze jajko. Harry przynosi Hagridowi kilka ognistych nasion do ogrzania jajka, w zamian z co dostaje Kartę z Czarodziejem i flet.
Później Harry gra w meczu przeciwko Slytherinowi. Po grze, Harry’ego czekają lekcje obrony przed czarną magią, na której poznaje zaklęcie Lumos, oraz lekcja eliksirów z profesorem Snape’em. Po lekcjach Harry i Ron muszą uratować Hermionę przed trolem górskim. Po tych przygodach nadchodzi czas na kolejny mecz Quiditcha, tym razem przeciwko Ravenclaw.
Nadchodzą Święta Bożego Narodzenia, a razem z nimi prezenty. Harry dostaje pelerynę-niewidkę. Razem z Ronem i Hermioną postanawiają, że smok Hagrida, Norbert, powienien zostać oddany do smoczej kolonii w Rumunii. W tym celu, korzystając z prezentu Harry’ego, wybiera się on na nocną wyprawę na wieżę. Po drodze musi jednak uważać na Argusa Filcha, woźnego Hogwartu, który pilnuje biblioteki, oraz na jego kotkę Panią Norris, która dołącza do pana. Wracając do salonu Gryffindoru, Harry znajduje dziwne lustro – Zwierciadło Ain Eingarp, w którym widzi swe odbicie razem z całą rodziną. W sali Zwierciadła ponownie spotyka Albusa Dumbledore’a. Ostatecznie udaje mu się wrócić do Wieży Gryffindoru. Po długich namysłach, Hermiona odkrywa, że w korytarzu na trzecim piętrze ukryty jest Kamień filozoficzny. Razem z Harrym i Ronem udają się do korytarza, by nie dopuścić do kradzieży Kamienia. Dzięki fletowi od Hagrida, udaje im się przemknąć obok Puszka, trójgłowego psa.
Następnie Harry musi przypomnieć sobie zielarstwo, i uwolnić przyjaciół z Diabelskich Sideł, oraz wykazać się refleksem szukającego i złapać skrzydlaty klucz. Kiedy Harry dociera do następnej sali, okazuje się, że zadaniem jest pokonanie figur szachowych. Harry musi dokończyć zadanie, ponieważ Ron, który wcześniej się tym zajmował, był ranny. Aby wyjść z następnej sali, Harry z Hermioną muszą odnaleźć odpowiedni eliksir. Hermiona wraca pomóc Ronowi, a Harry idzie do ostatniej sali, gdzie spotyka profesora Quirella, który chce ukraść Kamień. Kiedy Harry podchodzi do niego, ten zdejmuje turban i obraca własną głowę o 180 stopni, w wyniku czego, Harry staje twarzą w twarz z samym Lordem Voldemortem. Aby ujść z życiem, Harry wykorzystuje Zwierciadło Ain Eingarp do odbicia zaklęć Czarnego Pana, i zwycięża, po czym traci przytomność. Do sali przybywa profesor Dumbledore, i zabier z niej Harry’ego z Kamieniem. Znów włącza się tryb opowieści, z której można się dowiedzieć, że Kamień filozoficzny został zniszczony, a Gryffindor zdobywa Puchar Domów. Jeżeli gracz zebrał uprzednio 250 Fasolek Wszystkich Smaków i wszystkie Karty Czarodziejów, Harry dostaje Kartę ze swoją podobizną.